Um ponto que fazia as pessoas escolherem Linux era poder escolher o terminal. Mas em geral, ter qualquer terminal é mais do que suficiente para desenvolvedores.
Essa é a principal diferença entre os dois sistemas operacionais. É possível desenvolver para Linux sem gastar nenhum centavo com softwares.
Com a utilização em massivo de conteinerização (Linux Containers, Docker, Kubernetes) juntamente com o WSL2 é possível simular qualquer ambiente Linux dentro do Windows.
Sem sombra de dúvidas manter servidores Linux é muito mais barato em todos os sentidos de ter servidores Windows.
Quando falamos de automação em geral, principalmente de ferramentas de DevOps. O Linux ganha disparado. As ferramentas para esse tipo de atuação performam melhor em Linux.
Além de termos muitas engines para desenvolvimento de jogos que só funcionam em Windows, muitos jogos grandes também só rodam nesse sistema operacional.
Você deve escolher o sistema operacional que mais lhe agrada. Vimos que muitas funcionalidades do Linux podem ser simuladas ou utilizadas integralmente no Windows.